影响微电解处理效果的因素主要有废水pH值、停留时间、处理负荷、铁屑粒径、铁炭比、通气量、微电解材料选择及组合方式等，有的还会影响微电解反应器的机理。一般来说：
1）入水pH值
应选偏酸性，可控制到3-6.5，酸性过强虽能促进微电解的作用，但破坏了后续的絮凝体，且铁的消耗量较大，后续处理负荷重，产生铁泥多。随着微电解的进行，废水中的H+逐渐被消耗而导致pH值升高，从而使得微电解反应趋于缓和。
2）停留时间
也是影响微电解处理效果的重要因素，其长短直接关系到微电解反应的进程。一般处理效果随停留时间延长而提高，但当到达一定时间后反应基本停止，且停留时间过长会带来铁消耗量大，反色等不利因素，停留时间不足则反应不完全。不同的废水其污染物不同，所需反应时间也差异很大。因此，针对某种特定的废水，其水力停留时间应通过试验确定。
3）对填料进行曝气
有利于某些物质的氧化，也增加对铁屑的搅动，减少结块，能及时去除铁屑表面沉积的钝化膜，还可增加出水的絮凝效果。但曝气量过大也影响废水与铁屑的接触时间，使有机物去除率降低。而在中性条件下曝气一方面供氧，促进阳极反应的进行，另一方面也起到搅拌，震荡的作用，减弱浓差极化，加速电极反应的进行。
4）向体系中加入催化剂
(如金属氧化物CuO，MnO2、AL203等)能改进阴极的电极性能，提高其电化学活性，效果显著。盐类(如氯化钠，氯化氨)的存在由于提高了废水的电导率也有助于电解反应的进行。
5）合适的填料铁炭比例
可使填料在废水中形成的微电池数量最大化，从而达到最佳处理效果。一般铁炭质量比可控制在一定范围内，0.5-30:1之间，针对不同的生产废水，合适的铁炭质量比能达到不同的处理效果。
6）填料粒径
粒径越小，它的比表面积就越大，在废水中形成的微电池数量也越多，微电解反应的速度就越快。对废水的处理效果就越好。但在实际工程中，采用小的填料粒径会导致更为严重的填料板结问题，综合考虑、最好使用填料粒径在10-20之间的铁粉。一般铁粉来源困难，广泛使用的是工厂的废铸铁屑。
7）中和沉降的pH值
微电解出水的后处理中和沉降的pH值。一般微电解出水中不可避免会含有一定浓度的亚铁离子，不仅干扰CODcr的测定，还会带来反色等不利因素，故应设法除去。目前广泛使用的加碱混凝法就是加入碱溶液使亚铁离子沉淀为墨绿色的Fe(OH)2而除去。有资料报道，中和沉降适宜的pH值为8-8.5。理论计算亚铁离子完全沉淀的pH值为8.95，一般应调节pH值为9以上。
8）材料选择
不同成分，不同杂质的材料反应活性不同，故对应的处理效果差异较大。一般阳极材料采用铸铁屑、小碎铁块、铸铝屑等，阴极材料则采用焦炭、活性炭、石墨、煤粉等，故可进行很多搭配。
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